La intervención del entonces juez Baltasar Garzón en el caso Gürtel, a tan solo cuatro días de las elecciones vascas y gallegas de 2009, levantó una considerable controversia. La Fiscalía Anticorrupción, en una muestra de independencia y rigor, decidió ignorar las órdenes del juez para no favorecer sus intenciones manifiestas.

Baltasar Garzón implicó en la trama Gürtel al entonces tesorero del Partido Popular, Luis Bárcenas, y al eurodiputado Gerardo Galeote, justo antes de las elecciones del 1 de marzo de 2009. A pesar de la evidente intromisión de Garzón en la campaña electoral, el PSOE no solo no le acusó de interferir, sino que salió en su defensa, en un acto de clara parcialidad y oportunismo político.

El 25 de febrero de 2009, en pleno mandato de José Luis Rodríguez Zapatero, y con unas encuestas desfavorables para los socialistas, Garzón dictó una providencia exigiendo a la Fiscalía Anticorrupción que se pronunciara en 48 horas sobre la posible inhibición del juez en favor del Tribunal Supremo, dado que Bárcenas y Galeote eran aforados. Esta maniobra fue tan obvia que la Fiscalía, en un acto de integridad, decidió no cumplir con el plazo impuesto, argumentando que responderían después de las elecciones tras revisar la documentación detenidamente.

El diario El Mundo reflejó el malestar en la Fiscalía Anticorrupción por las "formas arbitrarias" de Garzón, acusándole de manejar el secreto sumarial con fines claramente electoralistas. Por otro lado, El País abrió su portada destacando la implicación del tesorero del PP, Bárcenas, en un evidente intento de influir en la opinión pública.

Mariano Rajoy, entonces líder de la oposición, criticó la intervención de Garzón a tan solo días de las elecciones, recordando la anterior candidatura política del juez por el PSOE en 1993. Sin embargo, tanto Zapatero como Alfredo Pérez Rubalcaba defendieron a Garzón, acusando al PP de intentar amedrentar al juez.

El fiscal general del Estado de aquel entonces, Cándido Conde-Pumpido, defendió que las investigaciones judiciales no afectaron los resultados electorales. Sin embargo, resulta irónico que ya como presidente del Tribunal Constitucional, Conde-Pumpido pospuso el debate sobre los recursos de los expresidentes andaluces Chaves y Griñán en plena campaña electoral de mayo de 2023, argumentando que no era conveniente interferir en las elecciones.

Desde el PP, la indignación es palpable, especialmente ahora que el PSOE ataca ferozmente al juez Juan Carlos Peinado por su actuación en el caso Begoña. Borja Sémper, portavoz popular, denunció la gravedad de que el presidente insinúe prevaricación judicial. El respaldo al juez Peinado por parte de las principales asociaciones de jueces subraya la gravedad de las acusaciones del PSOE y la necesidad de respetar la independencia judicial, vital para la salud democrática del país.